Denizcilik sektöründe tersine mühendislik genellikle mevcut gemi tasarımlarının analizi veya gemi bileşenlerinin optimize edilmesi amacıyla kullanılır. Örneğin, bir gemi inşa eden firma, rekabetçi olmak veya mevcut tasarımı iyileştirmek amacıyla rakip gemi modellerini tersine mühendislik yöntemleriyle analiz edebilir. Aynı şekilde, gemi parçalarının veya sistemlerinin işleyişini anlamak için de tersine mühendislik yapılabilir.

Diğer yandan, askeri amaçlı modernizasyon çalışmalarında tersine mühendislik yöntemine sıklıkla başvurulur. Gelişen teknolojik sistemlerin adaptasyonu ve olası tehdit unsurlarını bertaraf edebilmek için su üstü ve su altı gemiler yazılım ve donanım olarak modernize edilir. Hali hazırda kullanılan gemilerin tasarım yöntemleri günümüze kıyasla daha eski metotlar ile tasarlandığı için, günümüz 3D mühendislik yazılımlarına adapte edilmesi oldukça zordur. 3D lazer tarama ve CAD modelleme teknolojilerini kullanarak, gemilerin mevcut geometrileri hassas bir şekilde 3D ortama aktarılır.

Lazer tarama sonrası elde edilen detaylı 3D verilerin kullanılabilir olaması Armatör ve tersanelerin rekabette ciddi avantaj kazanmalarını sağlar. Klasik tasarım yöntemlerinin aksine lazer tarama ve CAD modelleme gemi tadilat ve modernizasyon projelerinde zaman kazanma konusunda ciddi bir oyun değiştiricidir.